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Genómica del Asma

 

Aproximadamente 300 millones de personas padecen asma en el mundo, en México se calcula que el 9 % la población presenta esta enfermedad. El costo económico del manejo del asma a nivel mundial supera los de la tuberculosis y el SIDA, combinados. El origen del asma es desconocido, sin embargo, se sabe que esta es un padecimiento condicionado por muchos genes (enfermedad poligénica), los cuales pueden variar entre diferentes familias o del origen étnico de los pacientes. En BmPE hemos realizado análisis genómico de pacientes asmáticos mexicanos e identificado nuevos genes asociados a esta enfermedad utilizando la plataforma de chips de oligonucleótidos (microarreglos), lo cual podría ser la base para el desarrollo de nuevos modalidades terapéuticas. A diferencia de la genética clásica que busca él o los genes responsables de una enfermedad, la genómica tiene como objetivo analizar simultáneamente los niveles de expresión de cientos, miles o aun cientos de miles de genes en un solo experimento, facilitando de esta forma la identificación de grupos de genes asociados a las enfermedades. En la genómica aplicada a estudios de transcriptómica se estudian los patrones de expresión de distintos genes a una escala global (véase Chip de ADN). De esta forma es posible sugerir posibles funciones e interacciones de genes en intervalos determinados. Chips de DNA (microarreglos) El microarreglo está constituido por secuencias de fragmentos de DNA bien ordenadas y adheridas a una superficie sólida generalmente de cristal. Cada secuencia corresponde a un gene diferente. El material ordenado en el microarreglo es llamado “probe” (sonda). El mRNA es tomado de una célula o tejido particular y combinado con algún tipo de “marcador químico” para generar una muestra etiquetada. Esta muestra es “hibridada” sobre los “probes” del microarreglo. La muestra marcada será aparejada con su secuencia complementaria. Luego, por cada gene la cantidad del “marcador” es detectado y esto es referido como un nivel de expresión del gene. Los microarreglos pueden ser divididos en dos tipos en base a su construcción: Spotted Microarrays y arreglos oligonucletoideos de alta densidad. Chips de DNA de oligonucleótidos En los chips de ADN de oligonuleótidos o microarreglos de canal único, las pruebas son designadas a partes de una secuencia conocida o un mRNA predicho. Estos chips de DNAs dan estimaciones del nivel de expresión, pero distintas condiciones no pueden ser observadas en una misma matriz, por lo que por cada condición se ha de utilizar un chip. El uso de chips de DNA para estudiar la expresión de diversos genes fue publicado en 1995, en la prestigiosa revista científica Science y el primer genoma de un organismo eucariota dispuesto en un chip de DNA (Saccaromyces cerevisiae) fue publicado en 1997 en la misma revista. Chips de ADN para Genotipificación Los SNP arrays son un tipo particular de matrices empleados para identificar variaciones individuales y en poblaciones. Los oligonucleotidos pequeños son capaces de identificar polimorfismos de un sólo nucleótido (en inglés SNPs, single nucleotide polymorphisms) que podrían ser los responsables de variaciones genéticas dentro de una población, y ser la causa de la susceptibilidad a distintas enfermedades genéticas. :